（1）在渔业水体中的作用：
水中自由生活的原生动物，通常是鱼虾贝类的直接或间接的天然饵料，但养鱼水域原生动数量增大，取食藻类，造成水体缺氧。并且养殖水体大量出现原生动物往往是水质不良的标志。但是原生动物特别是一些纤毛虫生产量大，营养丰富，有望大量培养作为水产经济动物苗种的开口饵料，如草履虫。
（2）在污水处理中的作用：
在污水处理厂有很多纤毛虫， 纤毛虫一是能够取食细菌，对污水细菌的消耗有很大作用；二时纤毛虫能够分泌一些物质使悬浮颗粒和细菌凝为絮状物，絮凝现象关系到活性污泥氧化有机物质的能力和沉淀的能力，从而实现水质净化作用。
（3）在水质监测中的作用：
原生动物除了可以作为污水生物处理效果的指示生物之外，还可在自然界水体的有机污染中作为指示生物，并且应用到水质分类的污水生物系统之中。污水生物系统的范围从未污染的区域到严重污染的区域可分为污染外带（未污染的）、寡污带（很少污染的）、β中污染带（中等污染）、α中污染带（污染较重）和多污带（非常严重地污染）。原生动物作为污染程度的指示生物的方法颇多，但归根结蒂是两大类。一类是在种群的水平上进行的，另一类是在群落的水平上进行的
